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（一）常见疾病鉴别
1.腰骶关节劳损
慢性腰骶关节劳损为持续性、弥漫性腰痛，以腰骶部最重，脊椎活动不受限，X线无特殊改变。急性腰骶关节劳损，疼痛因活动而加重，休息后可缓解。
2.骨关节炎
常发生于老年人，特征为骨骼及软骨变性、肥厚，滑膜增厚，受损关节以负重的脊柱和膝关节等较常见。累及脊椎者常以慢性腰背痛为主要症状，与AS易混淆。但本病不发生关节强直及肌肉萎缩，无全身症状，X线表现为骨赘生成和椎间隙变窄。
3.Forestier病（老年性关节强直性骨肥厚）
脊椎亦发生连续性骨赘，类似AS的脊椎竹节样变，但骶髂关节正常，椎间小关节不受侵犯。
4.结核性脊椎炎
临床症状如脊椎疼痛、压痛、僵硬、肌肉萎缩、驼背畸形、发热、血沉快等与AS相似，但X线检查可资鉴别。结核性脊柱炎时，脊椎边缘模糊不清，椎间隙变窄，前楔形变，无韧带钙化，有时有脊椎旁结核脓疡阴影存在，骶髂关节为单侧受累。
5.类风湿关节炎
现已确认AS不是RA的一种特殊类型，两者有许多不同点可资鉴别。RA女性多见，通常先侵犯手足小关节，且呈双侧对称性，骶髂关节一般不受累，如侵犯脊柱，多只侵犯颈椎，且无椎旁韧带钙化，有类风湿皮下结节，血清RF常阳性，HLA-B27抗原常阴性。
6.肠病性关节病
溃疡性结肠炎、Crohn病或肠原性脂肪代谢障碍（Whipple）都可发生脊柱炎，且肠病性关节病受累关节和X线改变与AS相似而不易区别，因此需要寻找肠道症状和体征，以资鉴别。溃疡性结肠炎有结肠黏膜溃疡、水肿及血性腹泻。Crohn病有腹痛、营养障碍及瘘管形成。Whipple病有脂肪泻，急剧消瘦等。这些都有助于原发性疾病的诊断。肠病性关节病HLA-B27阳性率低，Crohn病病人肠灌注液IgG增高，而AS病人肠灌液中IgG基本正常。
7.Reiter综合征和银屑病关节炎
两病均可发生脊柱炎和骶髂关节炎，但脊柱炎一般发生较晚，较轻，椎旁组织钙化少，韧带骨赘以非边缘型为主（纤维环外纤维组织钙化），在相邻两椎体间形成部分性骨桥与AS的竹节样脊柱不同。骶髂关节炎一般为单侧性或双侧非对称损害，牛皮癣关节炎则有皮肤银屑病损害等可资鉴别。
8.肿瘤
肿瘤亦可引起进行性疼痛，需作全面检查，明确诊断，以免误诊。
9.急性风湿热
部分病人初期临床表现颇似急性风湿热，或出现大关节肿痛，或伴有长期低热、体重减轻，以高热和外周关节急性炎症为首发症状的也不少见，此类病人多见于青少年，也容易被长期误诊。
10.结核病
个别病人初期类似结核病，表现为低热、盗汗、虚弱、乏力、体重减轻、贫血，有时伴有单侧髋关节炎症，易被误诊为结核病。有关的结核检查可鉴别。
（二）与血清阴性脊柱关节病鉴别
1.Reiter综合征和银屑病关节炎
可发生脊柱炎和骶髂关节炎，但脊柱炎一般发生较晚，较轻，椎旁组织钙化少，韧带骨赘以非边缘型为主（纤维环外纤维组织钙化），在相邻两椎体间形成部分性骨桥与强直性脊柱炎的竹节样脊柱不同。骶髂关节炎一般为单侧性或双侧非对称性，棘突关节病变少见，无普遍性骨质疏松。另外，Reiter综合征有结膜炎、尿道炎、黏膜皮肤损害，银屑病关节炎则有皮肤银屑病损害等可供鉴别。
2.肠病性关节炎
溃疡性结肠炎、Crohn病、肠原性脂肪代谢障碍（Whippe）都可发生脊柱炎，且肠病性关节病受累关节和X线改变与强直性脊柱炎相似而不易区别，因此需要寻找肠道症状和体征，以资鉴别。溃疡性结肠炎有结肠黏膜溃疡、水肿及血性腹泻，Crohn病有腹痛、营养障碍及痿管形成，Whipple病有脂肪泻，急剧消瘦等。肠病性关节病HLA-B27阳性率低，Crohn病病人肠灌注液IgG增高，而强直性脊柱炎病人肠灌液中IgG基本正常。
3.反应性关节炎
常继发于身体其他部位感染后出现，一般可以发现感染灶，抗生素有效。
